HPV感染は細胞内（幹細胞）への感染です。
HPV（ヒト乳頭腫ウイルス）は非常に小さく一般的の光学顕微鏡では確認出来ません。電子顕微鏡で初めて見れます。病原体の大きさ
HPVは非常にバラエティに富んでいて現在まで見つかっているだけで１2０タイプを越えています。
上記の理由から一般開業医にはウイルスの存在の証明は無理なので、HPVを専門に扱っている研究機関以外では無理と思います。
HPVの検出は、検査室レベルで現在行えるのは型の決まった中の二十種類位のものの検査が出来るだけです。
HPVの遺伝子型には多様性があることが分かり昔1種類と思われていたこのウイルスには、100類以上が確認されてすが、まだまだありそうです。理論的には１３００〜１５００くらいあるんではないかとの予想もあります。この理論が正しければ、分かっている型は全体のほんの一部と言うことになります。 型が決まってないものを調べられない状況では、HPVがいても陰性と結果が出てしまうので、特異的な型に対する検査方法では証明が難しので無理と思います。陽性でも殆どが陰性となってしまうことになります。
もし、非特異的なウイルスの検出方法（ウイルスの型を区別しないで検出する方法）が存在しても陰性のコントーロルを得ることが難しいと思います。